Ενώ ερευνούσε μια άλλη υπόθεση, ο ήρωας του παιχνιδιού Mystery Subway Escape 2, ο ντετέκτιβ Michael, βρήκε μια μυστική είσοδο σε εγκαταλελειμμένους σταθμούς του μετρό. Λίγοι γνωρίζουν γι' αυτούς. Δεν μιλάμε για τεχνικές σήραγγες, αλλά για σταθμούς που κάποτε λειτουργούσαν, αλλά για τον έναν ή τον άλλο λόγο αποδείχτηκαν κλειστοί και αζήτητοι. Είχε μείνει εκεί εξοπλισμός, πράγματα και αντικείμενα που δεν πετάχτηκαν γιατί μπορεί να ήταν ακόμα χρήσιμα. Εκεί θα ψάξει ο ήρωάς μας για αποδείξεις και μετά διέξοδο, αφού η πόρτα στην οποία μπήκε κλειδώθηκε από κάποιον στο Mystery Subway Escape 2. Προφανώς τον παρακολουθούσαν και αποφάσισαν να απαλλαγούν από τον σχολαστικό ντετέκτιβ.
