Ο ήρωας του παιχνιδιού Murder Case Clue 3D είναι ένα αγόρι που ονομάζεται Tom που λατρεύει τις ιστορίες ντετέκτιβ. Έχει διαβάσει όλα τα έργα για τον Σέρλοκ Χολμς και τον Ηρακλή Πουαρό και ξέρει ακριβώς τι θα γίνει όταν μεγαλώσει. Ο τύπος ονειρευόταν από καιρό να ερευνήσει ένα πραγματικό έγκλημα. Αλλά ποιος θα του το επιτρέψει, γιατί είναι ακόμα έφηβος. Ωστόσο, η ζωή περιστασιακά φέρνει εκπλήξεις. Όταν οι φίλοι κάλεσαν το αγόρι να περάσει ένα Σαββατοκύριακο μαζί τους σε ένα εξοχικό σπίτι, δεν είχε ιδέα πώς θα μπορούσε να τελειώσει. Φτάνοντας στην καθορισμένη διεύθυνση και βρίσκοντας το επιθυμητό σπίτι, ο ήρωας το βρήκε άδειο. Όλοι οι φίλοι έφυγαν για να δώσουν καταθέσεις στην αστυνομία γιατί στο σπίτι είχε γίνει φόνο. Ενώ κανείς δεν ήταν εκεί, το αγόρι αποφάσισε να ερευνήσει το περιστατικό. Κανείς δεν θα τον εμποδίσει να αναζητήσει αποδείξεις και θα βοηθήσετε να αποδειχθεί γρήγορα η αλήθεια στο Murder Case Clue 3D.
