Ένα ειδικό τρένο που τρέχει από την Ανταρκτική στη ζούγκλα μπορεί να πάψει να υπάρχει και ο λόγος οφείλεται στη φθορά των σιδηροδρομικών γραμμών. Τα ζώα, φοβούμενοι μήπως χάσουν το μοναδικό μέσο μεταφοράς που τους επιτρέπει να ταξιδέψουν, στράφηκαν στον Ντιέγκο για βοήθεια στο Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue. Το αγόρι είναι έτοιμο να βοηθήσει, εμπλέκοντάς σας στην υλοποίηση του σχεδίου του. Περιλαμβάνει επισκευή του δρόμου, αλλά πρώτα πρέπει να βάλετε όλα τα ζώα στις άμαξες. Οι επιβάτες συμφωνούν να ταξιδεύουν μόνο με την παρέα του είδους τους, επομένως υπάρχει ξεχωριστή άμαξα για πιγκουίνους, ελάφια, αρκούδες κ.λπ. Όταν τοποθετηθούν όλα τα ζώα, το τρένο θα ξεκινήσει το ταξίδι του και πριν από κάθε στάση πρέπει να συναρμολογείτε το δρόμο σαν παζλ γυρίζοντας μεμονωμένα τμήματα στο Go Diego Go! Diego's Railroad Rescue.