Στο δεύτερο μέρος του παιχνιδιού Pandemic 2, θα συνεχίσετε την αποστολή σας να καταστρέψετε όλη την ανθρωπότητα ως θανατηφόρα πανδημία. Το παιχνίδι ξεκινά με την επιλογή του τύπου της ασθένειας: ιό, βακτήρια ή παράσιτο. Στη συνέχεια, θα επιλέξετε ένα σημείο εκκίνησης για τη μόλυνση σας. Από εκεί θα πρέπει να μεταδώσετε την ασθένειά σας στον υπόλοιπο κόσμο. Με τη διάδοση σε όλο τον κόσμο, μπορείτε να βελτιώσετε την ασθένειά σας και να την κάνετε έτσι ώστε οι άνθρωποι να μην υποφέρουν από αυτήν. Τροποποιήστε συνεχώς τον ιό σας, ώστε η ανθρωπότητα να μην μπορεί να βρει μια θεραπεία για αυτόν. Έτσι σταδιακά θα καταστρέψετε ολόκληρο τον πληθυσμό του πλανήτη στο παιχνίδι Pandemic 2
