Ο Mario δεν είναι ενθουσιώδης με το Halloween, γιατί συνήθως αυτή τη στιγμή όλα τα κακά πνεύματα ενεργοποιούνται στις εκτάσεις του Mushroom Kingdom και ο Bowser απελευθερώνει όλα τα τσιράκια του για να κάνει χάος. Στην έκδοση Super Mario Flash Halloween, θα βοηθήσετε τον Mario να βρει όλους τους κακούς και να τους τελειώσει πηδώντας από ψηλά. Όλοι οι φίλοι του ήρωα ακόμα και ο αδερφός του Λουίτζι κρύβονται στο σπίτι και δεν βγάζουν τη μύτη τους, μόνο που ο γενναίος υδραυλικός δεν φοβάται κανέναν. Και υπάρχει ένας λόγος για αυτό - είστε εσείς, ο ευκίνητος παίκτης, που θα ελέγξετε τον ήρωα και δεν θα τον αφήσετε να κάνει λάθος στην έκδοση Super Mario Flash Halloween.
