Ταξιδεύοντας μέσα από τον Γαλαξία, ένας ερευνητής με το όνομα Τομ συναντά συνεχώς διάφορα αρχαία αντικείμενα. Για να φτάσει ο ήρωάς σας σε αυτά, πρέπει να λύσει διάφορους γρίφους. Εσείς στο παιχνίδι Puzzle Galaxies θα τον βοηθήσετε σε αυτό. Μπροστά σας στην οθόνη θα δείτε ένα σχέδιο που αποτελείται από κύβους. Κάθε ένα από αυτά θα χωριστεί εσωτερικά σε ίσο αριθμό τετραγωνικών ζωνών. Σε κάθε ζώνη θα δείτε μια μπάλα συγκεκριμένου χρώματος. Χρησιμοποιώντας τα πλήκτρα ελέγχου, θα περιστρέψετε τους κύβους γύρω από τον άξονά του στο κενό. Ο στόχος σας είναι να ρυθμίσετε αυτά τα στοιχεία έτσι ώστε όλες οι μπάλες να είναι διατεταγμένες σε μια συγκεκριμένη σειρά. Μόλις το κάνετε αυτό, θα σας δοθεί ένας συγκεκριμένος αριθμός πόντων στο παιχνίδι Puzzle Galaxies και θα προχωρήσετε στο επόμενο επίπεδο του παιχνιδιού.