Ο γενναίος πολεμιστής ninja εισήλθε στην επικράτεια του εχθρού. Ο ήρωάς σας πρέπει να κλέψει μυστικά έγγραφα από το κάστρο ενός από τους αριστοκράτες. Εσείς στο παιχνίδι Ninja Runner θα πρέπει να βοηθήσετε τον πόλεμο ninja να φτάσετε σε αυτό σε ακεραιότητα. Ο ήρωάς σας θα τρέξει κατά μήκος μιας συγκεκριμένης διαδρομής κατά μήκος του δρόμου. Θα εντοπιστούν διάφορα εμπόδια και αποτυχίες. Θα πρέπει να το κάνετε έτσι ώστε να πηδά πάνω από όλους αυτούς τους κινδύνους. Στο δρόμο, προσπαθήστε να συλλέξετε διάφορα αντικείμενα και χρυσά νομίσματα διάσπαρτα παντού.