Οι περιπέτειες του Mario συνεχίζονται στο Super Mario Flash 2. Η προηγούμενη αποστολή του να σώσει την πριγκίπισσα Peach ήταν επιτυχής, αλλά ο ήρωας δεν χρειάστηκε να επαναπαυθεί στις δάφνες του για πολύ. Την καημένη την πριγκίπισσα την απήγαγαν ξανά και αυτή τη φορά το έκανε ένας δράκος. Τοποθέτησε τον αιχμάλωτο στον πύργο και απαιτεί πλήρη υποταγή από το Βασίλειο των Μανιταριών. Ο Μάριο δεν είχε ακόμη προλάβει να ξεκουραστεί, αλλά βγήκε ξανά στο δρόμο. Αυτή τη φορά θα πρέπει να αντιμετωπίσει περισσότερους εχθρούς, θα επιτεθούν ομαδικά. Να είστε γρήγοροι και ευέλικτοι καθώς πηδάτε πάνω στα κεφάλια των εχθρών σας και τους καταστρέφετε στο Super Mario Flash 2.