Ο νίντζα είχε μόλις επιστρέψει από μια πεζοπορία και αποφάσισε να επισκεφτεί το μοναστήρι της πατρίδας του, όπου σπούδασε και τον αγαπημένο του δάσκαλο, ο οποίος του έδωσε τεράστιο όγκο γνώσεων και του έμαθε πώς να ελέγχει το σώμα και το πνεύμα του. Βρήκε τους μοναχούς σε απόγνωση και μεγάλη απογοήτευση. Την προηγούμενη μέρα, ο κόκκινος σαμουράι επιτέθηκε στο μοναστήρι και έκλεψε μια συλλογή από αρχαίες πέτρες με ρούνους. Πρόκειται για ιερούς λίθους που φυλάσσονται στο μοναστήρι εδώ και αιώνες. Ο ήρωάς μας ορκίστηκε να επιστρέψει ό,τι είχε κλαπεί και ξεκίνησε αμέσως το ταξίδι του. Βοηθήστε τον ήρωα στο Ninja Run να εκπληρώσει την ιερή αποστολή του. Ο νίντζα θα τρέξει και θα τον βοηθήσετε να πηδήξει πάνω από εμπόδια και εχθρούς εγκαίρως, συλλέγοντας πέτρες.
