Η αποκάλυψη μπορεί να συμβεί για διάφορους λόγους, στο παιχνίδι Apocalypse Run θα βοηθήσετε τον ήρωα που βρέθηκε στο κέντρο της αποκάλυψης που εμφανίστηκε ως αποτέλεσμα της εξέγερσης των μηχανών. Η τεχνητή νοημοσύνη, η εμφάνιση της οποίας ήταν τόσο αναμενόμενη και τόσο θαυμαστή για την ταχεία ανάπτυξή της, αποφάσισε ότι τώρα δεν χρειάζεται ανθρώπους. Επιπλέον, είναι ακόμη και επιβλαβείς, επειδή κάνουν τα πάντα λάθος, συχνά συμπεριφέρονται παράλογα, καταστρέφουν το περιβάλλον και σκοτώνουν το δικό τους είδος. Μια ισχυρή πεποίθηση έχει σχηματιστεί στο μυαλό της μηχανής ότι ο άνθρωπος είναι το κύριο κακό στον πλανήτη και πρέπει να καταστραφεί. Έτσι ξεκίνησε η συστηματική καταστροφή της ανθρωπότητας και ο ήρωας του Apocalypse Run θέλει να το αποφύγει και εσείς θα τον βοηθήσετε να πολεμήσει τα ρομπότ.
