Στο Ben 10: Brains vs Bugs θα πρέπει να βοηθήσετε έναν αστείο πράσινο εξωγήινο να απελευθερώσει τους απαχθέντες φίλους του. Μπροστά σας, ο χαρακτήρας σας θα είναι ορατός στην οθόνη, η οποία θα βρίσκεται σε μια συγκεκριμένη τοποθεσία. Χρησιμοποιώντας τα πλήκτρα ελέγχου θα καθοδηγήσετε τις ενέργειές του. Ο ήρωάς σας θα πρέπει να περπατήσει κατά μήκος μιας συγκεκριμένης διαδρομής, ξεπερνώντας διάφορες παγίδες και άλλους κινδύνους. Στο δρόμο, θα συλλέξει χρυσά νομίσματα και άλλα χρήσιμα αντικείμενα που θα σας φέρουν πόντους στο παιχνίδι Ben 10: Brains vs Bugs και μπορεί να δώσει στον χαρακτήρα διάφορα είδη μπόνους. Επίσης, ο χαρακτήρας σας θα πρέπει να πολεμήσει τα σφάλματα που θα συναντήσει στο δρόμο του.