Ο ήρωας του παιχνιδιού Ninja Assassin απαιτεί να τον αποκαλούν ninja Assassin, αν και στην εμφάνιση μοιάζει ελάχιστα με έναν σκληρό και ανελέητο δολοφόνο. Επιπλέον, σε όλη τη διάρκεια του παιχνιδιού, δεν πρόκειται να αγγίξει κανέναν με το δάχτυλο. Το καθήκον του είναι να περάσει και να συγκεντρώσει όλα τα χρυσά αστέρια. Μπορείτε να βοηθήσετε τον νίντζα αν συνδεθείτε στο παιχνίδι. Οδηγήστε τον κατά μήκος του δρόμου ώστε να αποφύγει σωρούς από πέτρες, τεράστιες παγίδες που προφανώς έχουν στηθεί για μια αρκούδα και κάθε λογής παράξενα πολύχρωμα πλάσματα. Οποιαδήποτε σύγκρουση με τα παραπάνω αντικείμενα, ζωντανά και μη, θα οδηγήσει στο τέλος της εκστρατείας ninja στο Ninja Assassin.