Το νερό ή οποιοδήποτε άλλο υγρό, ακολουθώντας τους νόμους της βαρύτητας, θα κυλήσει προς τα κάτω αν βρει διέξοδο για τον εαυτό του, έστω και μια μικρή ρωγμή. Στο Water Flow 3D πρέπει να το αφήσετε να ρέει ελεύθερα για να γεμίσετε τα τετράγωνα δοχεία παρακάτω. Ο αριθμός των δοχείων θα ποικίλλει, αλλά πρέπει να θυμάστε ότι μόνο υγρό του αντίστοιχου χρώματος μπορεί να χυθεί σε αυτά. Για να το κάνετε αυτό, ανοίξτε τα παντζούρια με τη σωστή σειρά. Μερικές φορές τα υγρά θα πρέπει να αναμειχθούν και τα γυάλινα χωρίσματα θα πρέπει να σπάσουν με βαριές μπάλες στο Water Flow 3D. Υπάρχουν πολλά επίπεδα και είναι διαφορετικά όσον αφορά τον καθορισμό εργασιών.