Στο μακρινό μέλλον, τα ζόμπι εμφανίστηκαν στον κόσμο των pixel μετά από μια σειρά κατακλυσμών και πολέμων. Τώρα οι ορδές των ζωντανών νεκρών κυνηγούν τους επιζώντες. Στο Pixel Zombies θα φυλάξετε έναν από τους ανθρώπινους οικισμούς. Θα πρέπει να καταστρέψετε πλήθη ζόμπι που κινούνται προς την κατεύθυνση του. Ο δρόμος θα είναι ορατός στην οθόνη μπροστά σας. Τα ζόμπι θα κινηθούν κατά μήκος της κατεύθυνσής σας με διαφορετικές ταχύτητες. Θα πρέπει να προσδιορίσετε τους στόχους κορυφαίας προτεραιότητας και να αρχίσετε να τους κάνετε κλικ με το ποντίκι. Έτσι, θα χτυπήσετε τα ζόμπι της επιλογής σας και θα τα καταστρέψετε. Για κάθε εχθρό που σκοτώνετε, θα λάβετε έναν ορισμένο αριθμό πόντων.