Στην αρχαία Ιαπωνία υπήρχε μια στρατιωτική τάξη που ειδικεύεται στην κατασκοπεία και τις δολοφονίες διαφόρων ανθρώπων. Ονομάζονταν νίντζα. Πολλοί πόλεμοι του Τάγματος ήταν στη μυστική υπηρεσία του αυτοκράτορα της Ιαπωνίας. Σήμερα στο παιχνίδι Flight Of The Ninja, θα βοηθήσουμε έναν από αυτούς στην εκτέλεση μιας μυστικής αποστολής. Ο ήρωάς σας πρέπει να εισέλθει στο φυλασσόμενο κάστρο που βρίσκεται σε ένα βουνό. Για να γίνει αυτό, θα πρέπει να αναρριχηθεί στα απότομα τείχη που είναι γεμάτα με παγίδες. Ο ήρωάς σας χρησιμοποιώντας ειδικά άγκιστρα θα ανεβεί με επιδεξιότητα στον τοίχο. Μόλις φτάσει στην παγίδα, κάνοντας κλικ στην οθόνη θα πρέπει να τον κάνει να πηδήξει και να πηδήξει σε άλλο τοίχο.
