Το παιχνίδι Alien Quarantine λαμβάνει χώρα στην επικράτεια ενός μυστικού εργαστηρίου όπου πραγματοποιούνται πειράματα σε αιχμαλωτισμένα εξωγήινα πλάσματα. Ένας από τους εξωγήινους κατάφερε να απελευθερωθεί, απελευθέρωσε τους άλλους και στο εργαστήριο άρχισε το πραγματικό χάος. Ο ήρωας του παιχνιδιού Alien Quarantine στέλνεται σε αναγνώριση, αλλά έρχεται αντιμέτωπος με έναν επικίνδυνο εχθρό. Πρέπει να αποκαταστήσει το σύστημα ασφαλείας για να αποτρέψει τα τέρατα από το να εισβάλουν σε άλλους τομείς. Για να το κάνετε αυτό, πρέπει να ενεργοποιήσετε πολλές συσκευές, να κινούνται και να πυροβολούν, να αποφεύγουν τις επιθέσεις εξωγήινων.
