Ο ήρωάς σας στο Ninja Assassin είναι ένας δολοφόνος Ninja και θα κάνει τη δουλειά του με τη βοήθειά σας. Αποτελείται από την καταστροφή εκείνων που έχουν γίνει σήμερα οι εχθροί του. Στην πραγματικότητα, το καθήκον είναι να καθαριστούν οι αποθήκες. Μια μεγάλη επίθεση αναμένεται σε αυτούς να ληστέψουν. Οι φρουροί περπατούν γύρω από τα δωμάτια με κουτιά, φωτίζοντας το δρόμο τους με φανάρια. Εάν το ninja βρίσκεται στη ζώνη που φωτίζεται από το φανάρι, ο φρουρός θα τον δει και θα τον επιτεθεί. Θα πρέπει να επιλέξετε από τη σκοτεινή πλευρά και να επιτεθείτε αμέσως. Η όλη διαδικασία είναι σιωπηλή, έτσι ώστε άλλοι φρουροί να μην είναι επιφυλακτικοί του δολοφόνου Ninja.
