Η ζωή στο Βασίλειο των Μανιταριών αναστατώνεται για άλλη μια φορά από την απαγωγή της πριγκίπισσας Peach. Ο Μπόουζερ δεν μπορεί να ηρεμήσει και δεν μπορεί να βρει τίποτα νέο εκτός από την απαγωγή της πριγκίπισσας. Ο Mario στο Super Mario Flash θα πάει σε ένα ταξίδι για να σώσει ένα κορίτσι, δεν είναι η πρώτη φορά για αυτόν και έχετε έναν λόγο να γίνετε και πάλι συμμετέχων σε μια διασκεδαστική περιπέτεια. Οδηγήστε τον Mario στις πλατφόρμες, πηδώντας πάνω σε κακά μανιτάρια και χελώνες. Βρείτε το μεγάλο μαγικό αγαρικό μύγας που θα μετατρέψει τον υδραυλικό σε Super Mario. Επιπλέον, μπορείτε να βρείτε ένα μαγικό λουλούδι στις πλατφόρμες, το οποίο επίσης θα ενισχύσει τον ήρωα και θα του δώσει δύναμη στο Super Mario Flash.
