Ο ήρωας του παιχνιδιού Final Ninja θεωρεί τον εαυτό του τον τελευταίο νίντζα του είδους του. Η εχθρική φυλή κατάφερε να εξοντώσει όλους τους συγγενείς του ήρωα, αλλά δεν πρόκειται να τα παρατήσει. Ακόμα κι αν χρειαστεί να πεθάνει, σκοπεύει να πάρει μαζί του όλους τους εχθρούς του. Στο μεταξύ, πρέπει να βρείτε τη φωλιά των εχθρών και για να το κάνετε αυτό θα πρέπει να ξεπεράσετε πολλά εμπόδια. Χρησιμοποιήστε τα βέλη για να μετακινηθείτε και κάνοντας κλικ στο κουμπί του ποντικιού, πετάξτε έξω τα shurikens. Εάν κρατάτε πατημένο το κλειδί ενώ ρίχνετε, μπορείτε να πιαστείτε και να τραβήξετε τον εαυτό σας σε υψηλότερες πλατφόρμες στις οποίες δεν μπορείτε να πηδήσετε στο Final Ninja.