Βαθιά στη ζούγκλα ζει ένας γορίλας ονόματι Donkey που πάντα βοηθάει τους φίλους της. Κάποτε ο χαρακτήρας μας αποφάσισε να πάει να επισκεφτεί τους μακρινούς του συγγενείς που ζουν στην άλλη άκρη της ζούγκλας. Εσείς στο παιχνίδι Super Donkey Kong 99 θα πρέπει να βοηθήσετε τον ήρωα σε αυτή την περιπέτεια. Ο χαρακτήρας σας θα είναι ορατός στην οθόνη μπροστά σας, η οποία, υπό την καθοδήγησή σας, θα προχωρήσει κατά μήκος του μονοπατιού, ανεβάζοντας σταδιακά ταχύτητα. Στο δρόμο, ο χαρακτήρας σας θα πρέπει να μαζέψει μπανάνες και χρυσά νομίσματα διάσπαρτα παντού. Θα πρέπει επίσης να ξεπεράσει διάφορες παγίδες και εμπόδια που θα συναντήσει στο δρόμο του.
