Όλα αλλάζουν με την πάροδο του χρόνου και ο κόσμος του Mario άλλαξε επίσης. Αν νωρίτερα όλοι οι εχθροί ήταν γνωστοί και δεν υπήρχαν τόσοι πολλοί, τώρα έχουν γίνει κρυμμένοι και πιο επικίνδυνοι. Στο Super Mario Vs Mafia, ο γενναίος υδραυλικός μας θα πρέπει να αντιμετωπίσει μια μεγάλη ομάδα μαφίας. Εξωτερικά, αυτά είναι συμπαγή παιδιά με μαύρα κοστούμια, αλλά στην πραγματικότητα είναι πραγματικοί ληστές, επιπλέον, σκληροί και ανελέητοι. Βοηθήστε τον ήρωα να αντιμετωπίσει όλους τους εγκληματίες. Πιθανότατα θα δείτε ένα ισχυρό όπλο μικρών όπλων στα χέρια του ήρωα για πρώτη φορά. Το απόθεμα πυρομαχικών σε κάθε επίπεδο θα αλλάξει ανάλογα με την κατάσταση, αλλά θα είναι πάντα λιγότερο από όσο χρειάζεται. Επομένως, κάθε βολή πρέπει να φτάνει στο στόχο. Με μία σφαίρα, ο ήρωας μπορεί να καταστρέψει πολλούς ληστές ταυτόχρονα εάν βρίσκονται στην ίδια λωρίδα ή με τη βοήθεια ενός ριζοσκέτου στο Super Mario Vs Mafia.
