Ένας γενναίος σαμουράι με το όνομα Κιότο ζει στον κόσμο των pixel. Σήμερα, ο ήρωάς μας πρέπει να ταξιδέψει σε απομακρυσμένες περιοχές της χώρας του και να πολεμήσει διάφορους εγκληματίες εκεί. Εσείς στο παιχνίδι Pixel Samurai θα τον βοηθήσετε σε αυτό. Οι σαμουράι σας θα είναι ορατοί στην οθόνη μπροστά σας, η οποία βρίσκεται σε μια συγκεκριμένη περιοχή. Χρησιμοποιώντας τα πλήκτρα ελέγχου, θα τον κάνετε να τρέξει προς τα εμπρός. Κοιτάξτε προσεκτικά την οθόνη. Στο δρόμο του ήρωά σας, θα εμφανιστούν διάφορα εμπόδια και τρύπες στο έδαφος. Όταν ο χαρακτήρας σας βρίσκεται σε μια συγκεκριμένη απόσταση από αυτήν την επικίνδυνη περιοχή, θα πρέπει να τον κάνετε να πηδήξει. Έτσι, ο ήρωάς σας θα πετάξει στον αέρα μέσω αυτού του κινδύνου και θα είναι σε θέση να συνεχίσει στο δρόμο του.