Στο δεύτερο μέρος του παιχνιδιού Virus Ninja 2, θα βοηθήσετε έναν γενναίο πολεμιστή ninja να καταπολεμήσει διάφορους ιούς. Πριν από εσάς στην οθόνη θα υπάρχει ένα γήπεδο στο οποίο θα εμφανίζονται διάφορα βακτήρια. Θα κινηθούν σε διαφορετικές κατευθύνσεις και σε διαφορετικές ταχύτητες. Για να τα καταστρέψετε θα πρέπει να χρησιμοποιήσετε ένα σπαθί. Κοιτάξτε προσεκτικά την οθόνη και οδηγήστε αντικείμενα με το ποντίκι. Έτσι, θα χτυπήσετε τα βακτήρια και θα τα κόψετε σε κομμάτια. Μερικές φορές μπορεί να εμφανιστούν βόμβες μεταξύ αυτών των αντικειμένων. Δεν πρέπει να τους ταλαντεύετε.