Ο Ben 10 δεν είναι ξένος για την άφιξη άλλης παρτίδας αλλοδαπών που θέλουν να συκοφαντούν γήινα. Αλλά αυτή τη φορά στο Ben 10 Omnitrix Shadow, τα πράγματα έγιναν πολύ πιο σοβαρά. Οι αλλοδαποί οδηγήθηκαν από έναν ιππότη με μαύρη πανοπλία, έβαλε ένα ρεύμα ενέργειας στον Ben, μολύνοντας τον τύπο με σκοτεινή ενέργεια. Στη συνέχεια, οι εισβολείς έφυγαν γρήγορα. Ένας σκοτεινός ιός έχει εγκατασταθεί στον ήρωα, ο οποίος με την πάροδο του χρόνου θα τον μετατρέψει σε ένα κακό τέρας, όπως όλοι εκείνοι που βρίσκονται στην omnitrix. Για να διορθώσετε την κατάσταση και να απαλλαγείτε από τον ιό, πρέπει να βρείτε τους τρεις κακοποιούς και να τους καταστρέψετε. Βοηθήστε τον χαρακτήρα να γίνει πάλι ο ίδιος και να αποτρέψετε τον μετασχηματισμό.
