Ο Μπέη, μαζί με την αδερφή του, ζει στα βάθη του δάσους. Ως μια μέρα ο χαρακτήρας μας ξύπνησε και διαπίστωσε ότι η μικρότερη αδερφή του έλειπε. Τώρα στο παιχνίδι Banjo-Kazooie, θα τον βοηθήσουμε να την βρει. Για βοήθεια, ο χαρακτήρας μας στράφηκε στο μαγικό πουλί Kazue. Μετά από ένα μαγικό τελετουργικό, έπιασε το ίχνος και πέταξε μαζί του. Τώρα τρέχετε τον ήρωα θα πρέπει να τρέξει μετά από την χωρίς να πέσει πίσω. Να είστε προσεκτικοί με τον τρόπο που θα έχετε παγίδες και οδηγείτε τον ήρωα θα πρέπει να τους αναγκάσει να πηδούν πάνω τους. Μερικές φορές μπορεί να συναντήσετε διαφορετικά επιθετικά τέρατα και θα πρέπει να τα καταστρέψετε.
