Προς την κατεύθυνση ενός μικρού οικισμού που βρίσκεται στην Ιαπωνία, κινείται απόσπασμα ληστών. Σκοτώνουν όμως τους ντόπιους και λεηλατούν το χωριό. Ένας γενναίος πολεμιστής νίντζα σηκώθηκε για να προστατεύσει τους ντόπιους. Εσείς στο παιχνίδι Phase Ninja θα βοηθήσετε τον ήρωα να πολεμήσει ενάντια στους κακούς. Μπροστά σας στην οθόνη θα είναι ορατή η περιοχή στην οποία θα βρίσκεται ο χαρακτήρας σας. Μια εχθρική μονάδα θα κινηθεί προς την κατεύθυνσή του. Με τη βοήθεια διαφόρων όπλων ρίψης και ένα τόξο με βέλη, μπορείτε να καταστρέψετε τους αντιπάλους σε απόσταση. Όταν ο εχθρός πλησιάζει, τραβάτε το σπαθί σας και συμμετέχετε σε κλειστή μάχη. Χτυπώντας με σπαθί τον εχθρό, θα τον καταστρέψετε και θα κερδίσετε πόντους για αυτό. Μετά τον θάνατο των εχθρών, θα μπορείτε να μαζέψετε τρόπαια που θα πέσουν έξω από αυτούς.