Ο πόλεμος ξέσπασε μεταξύ των δύο παραγγελιών του ninja. Εσείς στο παιχνίδι Ninja Versus Ninja θα λάβετε μέρος σε αυτήν την αντιπαράθεση. Στην αρχή του παιχνιδιού, θα πρέπει να επιλέξετε τον χαρακτήρα σας. Κάτω από αυτό θα σας δοθούν όπλα και πυρομαχικά. Μετά από αυτό, ο ήρωάς σας θα βρίσκεται σε μια συγκεκριμένη περιοχή. Ο αντίπαλός σας θα βρίσκεται στο αντίθετο άκρο της τοποθεσίας. Στο σήμα, θα πρέπει να κινηθείτε προς την κατεύθυνσή του. Μόλις πλησιάσετε, η μονομαχία ξεκινά. Μπορείτε να χτυπήσετε με το σπαθί σας ή να χρησιμοποιήσετε όπλα. Ο στόχος σας είναι να σκοτώσετε τον εχθρό το συντομότερο δυνατό και να πάρετε πόντους για αυτόν. Θα σας επιτεθεί επίσης. Θα πρέπει να αποφύγετε τα χτυπήματά του ή να τα αποκλείσετε με το σπαθί σας.