Μόλις οι πυκνοκατοικημένες πύλες είχαν ήδη κατορθώσει να κλειδώσουν, αλλά τα κακά πνεύματα δεν άφησαν την ελπίδα να απελευθερώσουν το δρόμο τους πάλι και πέτυχαν μετά από πολλά χρόνια. Αυτή τη φορά άνοιξαν μια πύλη στον Άρη με την ελπίδα ότι οι άνθρωποι δεν θα μπορούσαν αμέσως να το βρουν. Όμως, ο Άρης έχει ήδη αποικισθεί, πολλά βιολογικά εργαστήρια έχουν εγκατασταθεί σε αυτό, και μια ομάδα επιστημόνων έχουν εργαστεί, όλοι τους έχουν υποστεί τη σκληρή επίθεση των τεράτων. Η ομάδα σαρωτών σας πρέπει να καταστρέψει τα τέρατα στο Doom 3 και δεν χρειάζεται να πάρετε εμπειρία. Πηγαίνετε στο κόκκινο πλανήτη και να είστε προσεκτικοί, τα τέρατα έχουν γίνει πιο έξυπνα και ισχυρότερα.
