Ο ninja σπούδασε για πολύ καιρό και επιτέλους ήρθε η ώρα να χρησιμοποιήσει τις γνώσεις και τις δεξιότητές του στο Dark Ninja Hanjo. Ο Sensei ενημέρωσε τον μαθητή του ότι ήταν έτοιμος να ξεκινήσει μια ανεξάρτητη ζωή, αλλά την ίδια στιγμή, ο πρώην μαθητής κλήθηκε να εκτελέσει μια πολύ σημαντική αποστολή για την αποκατάσταση της πόλης. Η αποστολή θα δείξει πόσο προετοιμασμένος είναι ο ήρωας. Η πόλη κατακλύζεται από το σκοτάδι για να την ελευθερώσετε, θα πρέπει να πολεμήσετε με δαίμονες ή δαιμονισμένους πολεμιστές. Ο νίντζα θα μπορεί να δείξει τι είναι ικανός. Λάβετε οδηγίες από τον δάσκαλο στο αρχικό στάδιο, θα συνοδεύσει τον μαθητή του, αλλά στη συνέχεια πρέπει να ενεργήσετε μόνοι σας στο Dark Ninja Hanjo.
