Οι εποχιακές μάχες ξεκινούν στο Naruto Free Fight: Season 2. Μπαίνοντας στη μάχη: Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha και Kakashi. Επιλέξτε έναν ήρωα τον οποίο θα βοηθήσετε να νικήσετε τους αντιπάλους σας και θα μεταφερθείτε στη θέση όπου η μάχη θα ξεκινήσει άμεσα. Αρκετοί εχθροί θα επιτεθούν ταυτόχρονα στον χαρακτήρα σας. Θα εμφανιστούν ένα κάθε φορά και μετά σε ομάδες. Με τη βοήθεια των πλήκτρων ZX πρέπει να αναγκάσετε τον μαχητή να αποκρούσει τις επιθέσεις, και είναι καλύτερο να επιτεθείτε στον εαυτό σας και να προχωρήσετε προς τα εμπρός, συλλέγοντας μπόνους και περνώντας επίπεδα. Χτυπήστε τους αντιπάλους σας με ακριβείς γροθιές και κλωτσιές. Χρησιμοποιήστε τις ειδικές σας ικανότητες μόνο σε ακραίες περιπτώσεις, όταν θα υπάρχουν πάρα πολλοί εχθροί στο Naruto Free Fight: Season 2.