Κοντά σε ένα μικρό χωριό που βρίσκεται στην Ιαπωνία, εμφανίστηκαν οι ζωντανοί νεκροί. Περιφέρονται γύρω από τον οικισμό τη νύχτα και λεηλατούν τους ανθρώπους. Ο γενναίος πολεμιστής νίντζα Κιότο έλαβε εντολή από τον αυτοκράτορα να καταστρέψει τα ζόμπι. Εσείς στο παιχνίδι Ninja Versus Zombie θα βοηθήσετε τους νίντζα σε αυτό. Πριν από εσάς στην οθόνη θα υπάρχει μια περιοχή στην οποία θα βρίσκεται ο χαρακτήρας σας. Χρησιμοποιώντας τα πλήκτρα ελέγχου θα κατευθύνετε τις ενέργειες του νίντζα. Θα πρέπει να τρέξει μπροστά σε όλο το έδαφος και να κοιτάξει προσεκτικά γύρω του. Στην πορεία, θα μπορεί να συλλέγει χρυσά νομίσματα και άλλα αντικείμενα διάσπαρτα σε όλη την τοποθεσία. Μόλις συναντήσετε ένα ζόμπι, επιτεθείτε του. Χρησιμοποιώντας διάφορα όπλα από το οπλοστάσιο των νίντζα, θα καταστρέψετε ζόμπι στο παιχνίδι Ninja Versus Zombie και θα κερδίσετε πόντους για αυτό.