Τη νύχτα άρχισαν να εμφανίζονται ιπτάμενα κρανία από το νεκροταφείο της πόλης, τα οποία καταδίωξαν ανθρώπους και τους επιτέθηκαν. Εσείς στο παιχνίδι 1000 Skulls πρέπει να τα πολεμήσετε. Ο χαρακτήρας σας οπλισμένος με πυροβόλα όπλα με γοητευτικές σφαίρες θα πάει στο νεκροταφείο το βράδυ. Μόλις βρεθείτε στη θέση σας, θα περιμένετε να εμφανιστούν τα κρανία. Θα αρχίσουν να πετούν έξω από τους τάφους και τις κρύπτες και θα κινηθούν προς το μέρος σας. Θα αντιδράσετε γρήγορα στην εμφάνισή τους και θα πρέπει να τους δείξετε το όπλο σας και να τους πιάσετε στο πεδίο για να ανοίξετε εύστοχα πυρά για να σκοτώσετε. Εάν ο στόχος σας είναι ακριβής, τότε θα χτυπήσετε τα κρανία και θα τα καταστρέψετε. Για κάθε κατεστραμμένο κρανίο θα σας δίνονται πόντους.